Nejstarší písemná zmínka o vsi Miškovice pochází z 13. října 1357, kdy ji rádce císaře Karla IV., mindenský biskup Dětřich z Portic, daroval nově založenému klášteru v Klášterní Skalici. Po zničení kláštera husity v roce 1421 získal Miškovice získal rod Zajímačů z Kunštátu a až do konce 16. století se v jejím držení postupně vystřídali páni z Říčan, Bezdružičtí z Kolovrat, Horňatečtí z Dobročovic a Trčkové z Lípy. Dne 17. května 1595 koupil Miškovice Karel Záruba z Hustířan a připojil je ke svému radimskému panství, jehož součástí potom zůstaly až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848.
V letech 1850-80 byly Miškovice součástí obce Vrbčany, v letech 1880 - 1960 byly samostatnou obcí a od 1. ledna 1961 jsou admistrativní součástí obce Třebovle.
Dne 2. června 2013 byla obec velmi dramaticky zasažena ničivou povodní, když se rozvodnila Výrovka po protržení hráze rybníku Strašík u Kouřimi.
Václav Socha (* 20. 10. 1851 Miškovice - † 8. 12. 1937 Litovel) - v letech 1900-14 prvním českým starostou (po 300 letech) v převážně německém městě Litovel u Olomouce. zasloužil se o české školství ve městě a založení muzea. S dalšími vlastenci je vyobrazen na mozaice Génius Slovanstva žehná obrozené české Litovli z roku 1891 na budově tamějšího gymnázia.
Josef Řepa (* 6. 4. 1879 Miškovice - † 31. 8. 1948 Myslibořice) - významný českobratrský farář, od roku 1906 působil v nedaleké Velimi, jako odborný publicista je autorek knihy o českém bratrství.
Oldřich Miškovský (* 24. 2. 1881 Miškovice - † 27. 6. 1944 Zlín) - významný odborník v oboru pivovarnictví, který navrhl ochranu piva stáčeného do lahví přidáním kysličníku uhličitého, v letech 1936-42 byl vrchním sládkem českobudějovickéhopivovaru Budvar.
Název obce měl původně tvar Myslkovice, tedy ves lidí Myslkových, přičemž osobní jméno Myslek nebo Myslka bylo domácím tvarem jména Myslibor. Postupně se ze slova vytratila souhláska l a sk se změnilo v šk, tak vzniklo pojmenování Myškovice, již během 15. století se y změnilo na i a název se ustálil v současné podobě.
Miškovice jsou administrativní součástí obce Třebovle, jejich vlastní katastrální území činí 2,19 km².
Miškovice leží v údolí Výrovky 3 kilometry severovýchodně od Třebovle (15 kilometrů západně od Kolína) v nadmořské výšce 220 metrů.