Ves se poprvé vzpomíná v roce 1299 jako součást žiželického panství. Ve 14. století ji drželi Dětoch z Třebelovic, Petr z Rožmberka a Jindřich z Vartenberka, v 16. století Zdeněk Lev z Rožmitálu. Poté byla připojena ke chlumeckému panství, jehož součástí byla až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848. V roce 1850 byly Kundratice poměrně velkou obcí, neboť zde žilo 718 obyvatel, jejich počet se dramaticky snížil do roku 1930 na pouhých 100 obyvatel a nakonec na 22 obyvatel v roce 1970.
V letech 1850 – 1960 patřily Kundratice jako samostatná obec do okresu Nový Bydžov, od roku 1960 připadly jako součást sousedních Žiželic do okresu Kolín.
Název obce je odvozen od osobního jména Kundrát a znamená tedy Kundrátův dvůr (statek) nebo ves lidí Kundrátových. Tvar názvu se od středověku výrazně nezměnil, liší se pouze v závislosti na gramatické zdatnosti písaře a uvádí se jako Cunratice (1299), Chunraticz (1379), Cunraticz (1465) a Kundraticze (1542).
Po reorganizaci státní správy v roce 1960 jsou Kundratice administrativní součástí obce Žiželice, jejich vlastní katastrální území činí 1,15 km².
Kundratice leží 18 kilometrů východně od Kolína v nadmořské výšce 225 metrů.