Ves vznikla zřejmě již v průběhu 11. století, první písemná zmínka o ní pochází z roku 1278, kdy ji (jako Bor) koupil pro Sedlecký klášter opat Mikuláš I., který zde nechal založit hospodářský dvůr. V roce 1407 zastavil klášter ves Kateřině Anně z Házmburka s podmínkou, že po její smrti se opět vrátí do majetku kláštera, což se opravdu stalo po smrti Kateřiny v roce 1419. V roce 1436 připadl Svatý Mikuláš ke kolínskému panství Bedřicha ze Strážnice a s kolínským panstvím pak připadl roku 1459 Jiřímu z Poděbrad a v roce 1472 Hynka Minsterberského. V roce 1486 připadlo zboží královské koruně, v jejímž držení bylo s výjimkou let 1502–06, kdy bylo panství zastaveno Mikuláši Trčkovi z Lípy, až do roku 1593. V tomto roce vzniká novodvorské panství Kašpara Melichara ze Žerotína a Svatá Kateřina byla do tohoto panství začleněna. V roce 1639 byla obec vypálena Švédy a ještě v roce 1660 byla polovina gruntů i panský dvůr prázdná. Až v roce 1679 nechal hrabě Věžník znovu zřídit panský dvůr a opuštěné chalupy nabídl novým obyvatelům. K panství Nové Dvory patřil Svatý Mukuláš až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848, dvůr ale patřil nadále Chotkům, majitelům zámku Kačina a Nové Dvory.
Od roku 1850 je Svatý Mikuláš samostatnou obcí okresu Kutná Hora, v letech 1960-90 tzv. "střediskovou obcí", do které byla přiřazena sousední Svatá Kateřina, která je sočádstí Svatého Mikuláše dodnes.
Jan Svoboda Mikulášský (* 23. 4. 1852 Svatý Mikuláš – † 18. 5. 1920 Praha) - učitel, spisovatel a hudební skladatel, vydavatel časopisu Besídka malých, autor veršů a drobných próz pro mládež.
Ve starších písemnostech se obec nazývala Bor podle rozlehlého lesa (viz též Záboří nad Labem), někdy také Lhota. Pod názvem Svatý Mikuláš (S. Nicolao) se poprvé uvádí v roce 1307 a odvozuje se podle zasvěcení místního kostela. V roce 1352 a 1413 byl uveden název jako Bor Svatého Mikuláše (Bora S. Nicolai) ale již v roce 1436 pod českým názvem Svatý Mikuláš (Swaty Mikuass), který se již v dalších staletích nezměnil s výjimkou období komunismu, kdy se v letech 1950–90 obec jmenovala zideologických důvodů pouze Mikuláš.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 19. května 1998 usnesením č. 50 schválen znak a prapor obce. Znak tvoří modrý štít se stříbrným sníženým vydutým hrotem se třemi červenými jablky, na kterém stojí dva zlatí vztyčení medvědi s červenou zbrojí, držící nad hrotem stříbrnou, zlatě zdobenou mitru. Vlajku tvoří tři vodorovné pruhy: modrý, bílý a červený, na modrém a bílém pruhu jsou dva žlutí vztyčení medvědi s bílými zuby, červeným jazykem a drápy, držící bílou, žlutě zdobenou a červeně podšitou mitru.
Svatý Mikuláš je dnes samostatnou obcí, jeho součástí je obec Svatá Kateřina a zaniklá ves Kačina se zámkem. Katastrální výměra činí 17,82 km² a žije zde 983 stálých obyvatel (1. ledna 2025).
Svatý Mikuláš leží 11,5 kilometrů jihovýchodně od Kolína v nadmořské výšce 206 metrů.
zámek Kačina
kostel sv. Mikuláše
kaplička Panny Marie
křížek
Červený domek
hostinec Husa
vinice
památník padlým v 1. a 2. světové válce
Kačina - EVL
Kačina - PP