První písemná zmínka o Černíkách pochází z roku 1293, kdy jsou v listině královny Guty (Jitky) Habsburské uvedeny mezi statky sloužícími k hmotnému zabezpečení kostela v Lysé nad Labem. Obec tak patří k nejstarším doloženým sídlům na Českobrodsku, neboť její existence je spolehlivě doložena již na sklonku 13. století. Ve středověku ale byly Černíky, podobně jako jiné obce v okolí, rozděleny mezi několik držitelů. Jedna část náležela roku 1340 Vyšehradské kapitule, její majetek zastavil císař Zikmund roku 1437 Jindřichovi ze Stráže a později byl připojen k přerovskému panství. Druhý díl vsi vlastnil v roce 1436 Jan Chyba z Chlumu a počátkem 16. století byl veden jako součást lyského panství. V roce 1535 získal tento majetek Jiřík Vachtl z Pantenova a připojil jej ke Kounicím. K rozhodujícímu sjednocení celé obce došlo roku 1562, kdy Zdeněk Vachtl z Pantenova získal směnou také přerovský díl Černík. Při prodeji kounického panství v roce 1601 je již ves uváděna jako jeden celek, od té doby až do zrušení patrimoniální správy v roce 1850 sdílely Černíky osudy kounického panství.
Po většinu své historie si obec zachovala zemědělský charakter. Díky příslušnosti ke kounickému panství byla hospodářsky svázána s okolními vrchnostenskými dvory a statky. Obyvatelé se živili především zemědělstvím a drobnými řemesly. Ves náležela církevně ke Štolmíři a v 17. století se majitelé kounického panství dokonce pokoušeli o její převedení pod farnost v Bříství, aby místní poddaní neodváděli desátky mimo panství. Tento záměr však nebyl schválen ani realizován.
Urbanistickou podobu Černík určovala po staletí poloha v mírně zvlněné zemědělské krajině mezi Českým Brodem, Kounicemi a Přerovem nad Labem. Obec se rozvinula jako menší venkovské sídlo obklopené poli, loukami a hospodářskými usedlostmi. Historická zástavba se soustředila kolem návsi s kaplí sv. Václava, zatímco okolní krajina byla využívána především k zemědělské výrobě. Navzdory pozdějším stavebním úpravám si sídlo dodnes uchovalo měřítko a charakter typické polabské vesnice, v níž je stále dobře patrná vazba mezi zástavbou a okolní kulturní krajinou.
Po zrušení patrimoniální správy se Černíky staly samostatnou obcí. V letech 1850–1960 náležely k okresu Český Brod, při správní reorganizaci v roce 1960 byly začleněny do okresu Nymburk. V roce 1980 se staly součástí obce Kounice, samostatnost však opět obnovily v roce 1990. Od roku 2021 jsou součástí okresu Kolín. Tento vývoj sice odráží proměny státní správy ve středních Čechách, aniž by ovšem zásadně narušil identitu obce a její historickou vazbu na Českobrodsko.
Černíky představují dobře dochovanou historickou obec, jejíž vývoj byl po staletí spjat s kounickým panstvím. Přestože nikdy nepatřily k velkým sídlům, jejich dějiny odrážejí proměny majetkových vztahů, vrchnostenské správy i venkovského hospodaření na rozhraní Polabí a Českobrodska. Díky zachované návsi s kaplí sv. Václava a tradičnímu krajinnému zázemí si obec uchovává svůj historický charakter a tvoří významnou součást kulturního dědictví širšího regionu.
Název obce je podle výkladu Antonína Profouse odvozen z původního tvaru Črmníky, tedy označení osady Črmníků nebo Črmníkovy rodiny. Osobní jméno Črmník bylo odvozeno od staročeského přídavného jména črmný ve významu červený, k němuž byla připojena přípona-ík. Historické prameny zachycují vývoj názvu v podobách: 1293 in Czrmnik, 1340 in villa Czyrmnyk, 1382 Cyrmnyk, 1398 de Crmnyk, 1400 Czrmnik, 1407 Czirmnik, 1408 de Czrmnyk, 1454 v Černiciech, 1499 Čermice, 1521 Čermíky, 1529 z Čermík, 1542 w Čžermykach, 1546 w Czermnikach, 1654 Czerniky a 1655 ve vsi Černikách. Původní místní jméno prošlo během staletí několika hláskovými a pravopisnými změnami, při nichž se ve výslovnosti postupně prosadila skupina čer- namísto staršího čr- a zároveň došlo ke zjednodušení souhláskové skupiny ve druhé slabice. Přes tyto jazykové proměny však zůstal základ názvu po celou dobu zachován a měnila se především jeho pravopisná a hlásková podoba.
Podvýborem pro heraldiku a vexilologii Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky byl dne 3. května 2018 usnesením č. 8 schválen znak a prapor obce. Autorem znaku je heraldik Stanislav Kasík a jedná se o tak zvaný „mluvící znak“. Tvoří ho stříbrno-zlatě polcený štít, vpravo s černou orlicí se zlatým, jetelovitě zakončeným perizoniem na křídlech a se zlatou zbrojí a jazykem (přemyslovská orlice sv. Václava, kterému je zasvěcena místní kaple), vlevo pak černou kančí hlavou (znak pánů ze Šelmberka, majitelů obce) nad modrou růží se zlatým semeníkem (znak pánů ze Stráže, majitelů obce). Vlajku tvoří bílý žerďový pruh široký třetinu délky listu a žluté pole. V bílém pruhu je černá plamenná orlice a ve žlutém poli je černá kančí hlava nad modrou růží se žlutým semeníkem.
Černíky jsou dnes samostatnou obcí, katastrální výměra činí 3,88 km² a žije zde 170 stálých obyvatel (1. ledna 2025).
Černíky leží 4 kilometry severozápadně od Českého Brodu (28 kilometrů severozápadně od Kolína) v nadmořské výšce 237 metrů.
kaple sv. Václava
křížek
dům čp. 8
dům čp. 9
statek čp. 1 "Pospíšilovský"
statek čp. 2 "Holečkovský"
hostinec