Na území dnešní obce měl podle Dalimilovy kroniky v 10. stol. dvorec Žitomíř kníže Václav (svatý). Dvorec chránil jednu z nejvýznamnějších raně středověkých obchodních cest – „Trstěnickou stezku“. V Dalimilově kronice se píše, že právě zde se podrobil zlický kníže Radslav z Kouřimi knížeti Václavovi; jiná tradice klade tuto událost na nedaleké hradiště v Přistoupimi a místní tradice ji klade i do nedalekých Tuklat.
Velkorysý půdorys Štolmíře nasvědčuje hypotéze, že když ve 13. století budoval Přemysl Otakar II. síť východočeských královských měst, pokusil se v roce 1268 o lokaci Žitomíře, která ležela den cesty jak z Prahy, tak z nových královských měst Kouřim i Kolín. Když však byla v roce 1268 povýšena pražským biskupem Janem III. z Dražic trhová osada Biskupský (dnes Český) Brod v těsném sousedství Žitomíře na město, příhodnější geografická poloha biskupského města rozhodla o tom, že se pokus o lokaci Žitomíře nezdařil. Tato záležitost však není podložena v žádných písemných pramenech, tvrzení zformované PhDr. Milošem Dvořákem vychází pouze z nepřímých důkazů. Domnělou lokaci královského města může připomínat veliká obdélníková náves (97×81 m) a většina z 16 usedlostí, na které byly pozemky rozparcelovány již ve 13. století.
Královským majetkem však byla Žitomíř i v následujícím období, např. v roce 1283 se zmiňuje v listině krále Václava II. a královský rychtář se zde zmiňuje ještě v roce 1371. K roku 1553 je doložena v Žitomíři první škola, vzpomínaná i později, například v roce 1669. V roce 1575 připadla obec, již jako Štolmíř, městu Český Brod a po konfiskaci městského majetku v roce 1623 se stala součástí černokostelecké panství, jehož součástí zůstala až do zrušení patrimoniální správy v roce 1848. Když v červenci a srpnu roku 1799 procházela přes Čechy ruská vojska, coby tehdejší spojenci rakouského císaře, ve Štolmíři se ubytovali granátníci 2. Pskovského pliku pod velením majora Sakena, myslivci 2.pluku pod velením generál majora Titova, Šlisenburský mušketýrský pluk pod velením generál majora Izmajlova, granátníci Kurského pluku pod velením generál majora Pribiševského, kyrysníci pod velením generál majora Jesipova a Sevský mušketýrský pluk pod velením generála Tučkova.
Dnešní název obce se ustálil v roce 1921 a vznikl zkomolením původního názvu Žitomíř [také Sytomirz, Markt Sittemir, Stomirz], který byl odvozen od slovanského osobního jména Žitomír, značící "život v míru".
Od roku 1964 je Štolmíř součástí města Český Brod, samotné katastrální území obce má rozlohu 6,78 km2.
Štolmíř leží 2 kilometry severozápadně od Českého Brodu (26,5 kilometru severozápadně od Kolína) v nadmořské výšce 217 metrů.