Lhotky získaly své jméno po původně existujících dvou Lhotkách, které byly založeny ve 14. století. V letech 1364-80 se vzpomíná Jan a v letech 1393 – 1400 Majnuš ze Skvrňova, sídlící zřejmě v Horní Lhotce. Roku 1408 prodala Kateřina, vdova po Všelavu z Obrub, obě Lhotky magistru Jiljímu z Prahy, který je připojil k malotickému panství. V průběhu 15. století obě Lhotky zpustly zřejmě vlivem husitských válečných operací. Když v roce 1557 získali malotické panství Zdislav a Karel Říčanští z Říčan, připadly Lhotky k zásmuckému panství. V popisu se uvádí, že Horní Lhotka tehdy byla zcela zpustlá, Dolní Lhotka pak zpustlá částečně, přičemž se začíná znovu osídlovat. Lhotka byla znovu zničena za třicetileté války, takže v roce 1678 se zde v popisu zásmuckého panství vzpomíná pouze 1 osadník, Matěj Kolomazník. Ves obnovil na konci 17. století hrabě Adolf Vratislav ze Šternberka, a za sto let, v roce 1780, již zde stálo 25 domů. Do zrušení patrimoniální správy po roce 1848 byly Lhotky součástí zásmuckého panství, od roku 1850 jsou souičástí Malotic.
Ferdinand Hořejš (* 1868 Lhotky – † ?) - podnikatel a soudní znalec v oboru lakýrnictví a místopředseda Společenstva lakýrníků v Praze. Lakýrníkem se vyučil v Kolíně a za svého života se podílel na velkých zakázkách např. v historických sálech a bytě prezidenta na Pražském hradě a v Lánech ve spolupráci s Jožem Plečnikem, dále v klášteře Křížovníků, České bance, Tyršově domě ad.
Bohuslav Sajvera (* 27. 4. 1934 Lhotky – † 15. 11. 2010 Kutná Hora) - regionální historik Posázaví, absolvent gymnázia v Kolíně a Pedagogické fakulty UK v Praze.
Původní osada Horní Lhotka stávala v lese, kde se dodnes říká „Na Starých Lhotkách“. Na místě dnešní vsi stávala vesnice Dolní Lhotka. Jedna z těchto Lhotek se v roce 1488 vzpomínala jako Lhotka Dubová. Název Lhota se přenášel do názvů nově založených obcí kvůli osvobození od určitých povinností vůči vrchnosti po jejich založení (zpravidla po dobu 5 - 8 let, tzv. lhóta nebo lehota = ulehčení, osvobození, odklad).
Lhotky jsou dnes součástí obce Malotice, jejch vlastní katastrální území činí 4,07 km².
Lhotky leží 19 kilometrů západně od Kolína v nadmořské výšce 327 metrů.