Zibohlavy jsou prastarého založení, poprvé jsou ale připomínány až v roce 1352, kdy byl zdejší poplužní dvůr majetkem Pražského arcibiskupství. Jako církevního majetku se Zibohlav zmocnil v roce 1432 Matějek ze Zibohlav, bratr táborského hejtmana Ondřeje Keřského. V roce 1436 připadla obec ke kolínskému panství Bedřicha ze Strážnice, ale král Jiří z Poděbrad ji před rokem 1470 prodal městu Kutná Hora. Ze Zibohlav této doby pochází rod Kasalických z Kaštic, který v roce 1500 přesídlil do Kolína, když Zikmund Kasalický koupil na Kouřimském předměstí dvůr, ke kterému přikoupil v roce 1518 i další dvůr v Polepech. V roce 1624 obec vyhořela a po třicetileté válce v roce 1654 se zde vzpomínají jen dva sedláci – Jan Mikulka a Václav Hurt. Obnovená ves byla v roce 1666 připojena k Lošanům (tím se znovu dostala do majetku Kutné Hory), s kterými byla spojena až do zrušení patrimoniální správy po roce 1848.
V letech 1850 - 1960 byly Zibohlavy samostatnou obcí, v letech 1961-87 byly součástí obce Radovesnice I a od 1. ledna 1988 jsou městskou částí Kolína.
Václav Faltýn (* cca 1888 Zibohlavy - † 2. 10. 1945 Zibohlavy) - sociální demokrat a okrskový velitel hasičů, za 2. světové války byl jako politický vězeň držen v Terezíně, po návratu zemřel na následky věznění.
Josef Záruba (* 18. 3. 1900 Zibohlavy - † 1. 1. 1967 Kolín) - významný kolínský stavitel a architekt. Kromě mnoha kolínských staveb byl podle jeho návrhu postaven v Praze tzv. Bicanův dům v Jungmannově ulici a obchodní dům Merkur.
Miroslav Jiroudek (* 6. 3. 1914 Zibohlavy - † 23. 5. 1995 Praha) - válečný a civilní letec, pilot u 310. čs. stíhací perutě v Anglii, od roku 1946 u ČSA jako kapitán-dopravní pilot. Je nositel řady válečných vyznamenání, v r. 1991 byl povýšen na plukovníka letectva ve výslužbě.
Josef Masopust (* 5. 11. 1911 Poďousy - † 26. 4. 1982 Podbořany) - příslušník československého zahraničního odboje v Polsku (1939) a Anglii (1941), kde byl po zranění při parašutickém výcviku členem osobní stráže prezidenta republiky Edvarda Beneše, v roce 1949 byl zatčen a odsouzen k nuceným pracem v jáchymovských uranových dolech; dětsví prožil v Zibohlavech (čp. 49).
Jiří Kučera (* 3. 1. 1920 Zibohlavy - † 23. 11. 1993 Praha) - autor řady monografií, odborných článků a recenzí na téma genetiky a etologie zvěře.
Název obce náleží k posměšným toponymům (obdobně jako v regionu např. názvy obcí Solopysky, Kozojedy, Oplany, Konojedy nebo Masojedy) a přidělili mu ho obyvatelé z okolí. Základem názvu je staroslovanské slovo "zýbati", znamenající kolébavé nebo kopulační pohyby. Jde tedy nejspíše o ves lidí často potřásajících hlavou. Tvar názvu se od středověku výrazně nezměnil, liší se pouze v závislosti na gramatické zdatnosti písaře a uvádí se jako Zybohlaw (1352), Zibohlaw (1412), Zibohlawi (1436), Zibohlavy (1624), Zibohlawy (1843) a nakonec opět Zibohlavy (1848).
Od roku 1988 jsou Zibohlavy administrativní součástí města Kolín, jejich vlastní katastrální území činí 3,08 km².
Zibohlavy leží na Pekelském potoce, 4,5 kilometru jihozápadně od Kolína v nadmořské výšce 296 metrů.